• Titre : « Assemblage et annotation de génomes à partir de données métagénomiques de sols », INRAE.
• Post-doctorante : Carole Belliardo.
• Unité de rattachement : INRAE, UMR 1356 - ISA - GAME.
• Durée du projet : 2023 - 2024.

Résumé du projet :

Le microbiome du sol reste mal connu, mais il est essentiel de découvrir sa diversité génétique, étant donné les fonctions essentielles qui sont principalement assurées par son arsenal de protéines. Bien que la métagénomique à lecture courte (SR) ait fourni des informations intéressantes sur la diversité des gènes du microbiome, elle n'a pas permis d'obtenir des reconstructions complètes du génome microbien. Les génomes assemblés par métagénomes (MAG) obtenus par métagénomique à lecture courte donnent souvent des assemblages fragmentés et des ensembles de gènes incomplets et inutilisables pour la prédiction des gènes. En utilisant le séquençage à lecture longue de haute précision (HiFi) de PacBio, nous avons précédemment obtenu des lectures longues à partir de métagénomes de sol de culture en tunnel, dépassant la longueur des contigs des métagénomes à lecture courte disponibles publiquement. Même si une partie substantielle des lectures reste non assemblée, nous avons réussi à reconstruire des douzaines de génomes assemblés par métagénomes, ce qui a encore amélioré la contiguïté des lectures englobant des génomes bactériens, archéologiques et viraux provenant d'environnements terrestres. Pour comparer de manière plus complète les approches en lecture longue et lecture courte, nous avons généré un séquençage à lecture courte à ultra-haute profondeur sur le même échantillon de sol. Bien qu'avec la technologie en lecture courte, les contigs soient sensiblement plus courts, le séquençage à ultra-haute profondeur semble avoir capturé une plus grande diversité de taxons que la lecture longue. Toutefois, cette impression doit être confirmée par une méthode de métabarcoding indépendante. Le séquençage à lecture longue de haute précision présente un potentiel important pour élucider la complexité de la reconstruction du génome bactérien. Néanmoins, plusieurs considérations critiques restent à aborder, telles que la profondeur de séquençage nécessaire pour capturer et reconstruire une représentation significative de la biodiversité réelle des microbiomes du sol.