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La diversification des systèmes agricoles a été identifiée comme un levier d’action et d’accélération de la transition agroécologique et d’adaptation aux aléas générés par le changement climatique. Elle requiert plus de diversité dans les systèmes de production comme dans les ressources génétiques utilisées (génotypes, variétés, races, espèces). Il n’y a pas de génétique élite unique pour une espèce, compatible avec tous les systèmes et environnements. Il est donc nécessaire de développer des travaux permettant d’optimiser l’utilisation de la diversité génétique intra et inter-espèces pour soutenir l’évolution des systèmes agricoles.

Les ressources génétiques conservées en France représentent un patrimoine national largement méconnu, notamment dans leur potentiel pour l’agroécologie. Constituées au fil du temps, elles incluent des populations in situ et des collections hébergées par des centres de ressources biologiques, avec deux caractéristiques : 1) un stockage le plus souvent initié avant l’essor de la génomique (pas de caractérisation génomique des accessions) et 2) une absence de mesures phénotypiques liées aux objectifs de sélection pour l’agroécologie. Il est donc important de caractériser la diversité génomique de l’ensemble des ressources génétiques disponibles pour identifier les génotypes particulièrement prometteurs et de phénotyper ceux-ci de manière prioritaire, dans des conditions de production agroécologique. La génomique et le phénotypage à haut débit génèrent des données de grandes dimensions qui entrent dans champ du numérique pour l’agroécologie.

Cet axe a pour objectif de soutenir des projets qui viseront :

• la caractérisation génétique et génomique des ressources génétiques animales et végétales disponibles, incluant la variabilité épigénétique ;
• l’étude des communautés microbiennes symbiotiques et commensales qui contribuent à la variabilité phénotypique de leurs hôtes (échelle des holobiontes) ;
• le développement du phénotypage pour des caractères agroécologiques avec l’identification des mesures les plus pertinentes et économes pour qualifier les nouveaux objectifs liés à l’empreinte environnementale, la résilience face aux aléas climatiques, l’efficience, la santé, le bien-être animal, etc.

• AgroDiv, Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype.
• HOLOBIONTS, Les holobiontes animaux : une nouvelle échelle biologique pour explorer la diversité génétique et affiner les stratégies de sélection en agroécologie.
   

• PATASEL, Phénotypage Animal pour la Transition Agroécologique des Systèmes d’Élevage.
• AgroEcoPhen, Phénotypage à haut débit des plantes pour l’agroécologie.
   

• « EAGLE - Intelligence artificielle pour la génétique translationnelle en agronomie », thèse.
• « Construction d'un pipeline bioinformatique pour prédire le décalage génomique des arbres fruitiers cultivés et sauvages en réponse au changement climatique », thèse.