Pour répondre manière plus efficace et rapide aux enjeux de la transition agroécologique, des changements climatiques (adaptation et mitigation), de la santé globale et du bien-être animal, des pratiques agricoles respectueuses de l’environnement et de l’attente des consommateurs, il est nécessaire de développer de nouvelles façons de mobiliser la diversité génétique. Les programmes de sélection doivent donc évoluer pour proposer en plus grand nombre des génotypes plus divers et complémentaires, de manière à couvrir un large spectre de conditions environnementales et de systèmes de production actuels et futurs. La définition et l’implémentation de nouvelles stratégies d’amélioration génétique nécessitent des approches systémiques pour revisiter les éléments techniques et socio-économiques qui déterminent les choix de populations/races/lignées/variétés/individus et leur orientation dans les différents systèmes de production animaux ou végétaux.

Ces enjeux concernent à la fois l’amélioration des plantes et des animaux et seront abordés ensemble dans le projet CoBreeding, structuré en trois grands axes :

• l’étude des processus de construction collective prenant en compte des communautés hétérogènes d’acteurs ;
• l’enrichissement des méthodes d’évaluation génétique multicritères, incluant la complexité environnementale ;
• la diversification et les stratégies d’amélioration génétique.

Les objectifs sont de co-produire des connaissances, mais aussi des outils génériques pour faciliter la gestion dynamique des populations animales et des ressources génétiques végétales, avec la participation des opérateurs de la sélection, des instituts techniques et des utilisateurs directs ou indirects (paysans, consommateurs, citoyens) pour construire la transformation agroécologique.

Le projet CoBreeding rassemblera plus de 80 spécialistes reconnus en biologie (génétique, sciences des plantes et sciences animales), sciences des données (mathématiques, statistiques, bioinformatique) et sciences sociales d’INRAE, INRIA, AgroParisTech, AgroCampus, Université Paris-Saclay, Mines Paris - PSL, ENSFEA et Oniris qui mettront à la disposition du projet 360 mois de travail de leurs personnels permanents.

Thèse

Virgilio Freitas (INRAE, UMR 0320 - GQE – DEAP) : Quantification de la plasticité phénotypique de la production et de l'allocation de la biomasse dans les mélanges céréales-légumineuses à haute résolution spatio-temporelle à l'aide de drones - Application à la sélection.

Post-doctorats

Philippine Coeugnet (INRAE, UMR 1326 - LISIS) : L’innovation pour la transition agroécologique en sélection animale et végétale : analyse et accompagnement des processus et dispositifs de co-conception.

Henri Lagarde (INRAE, UMR 1313 - GABI - G2B) : Concevoir des programmes de selection bovins de rupture accompagnant l’evolution du secteur a un horizon de 20 ans.

Minh-Lien Nguyen (INRAE, UMR 1404 - MaIAGE – Dynenvie) : Optimisation multi-critères et estimation en présence d'aléa. Application à la sélection de variétés pluti-performantes en végétal en présence de variabilité environnementale.