Bandeau AgroDiv

Développements méthodologiques pour l’étude de la variabilité génétique des populations animales.

Thèse intégrée au projet AgroDiv, encadrée par INRAE.

Résumé du projet 

Les graphes de pangénome sont des structures de données qui représentent un alignement multiple (MSA) dans la forme d’un graphe dirigé particulier. Leur méthode de construction repose en grande partie sur des heuristiques : ainsi, changer un paramètre ou utiliser un outil différent renvoie un autre graphe. Dans une première tentative d’une meilleure compréhension de l’information de variation intégrée au graphe, nous avons développé une méthode basée sur la notion de distance d’édition pour identifier des différences entre graphes de pangénomes, que nous avons implémentée et testée sur des graphes construits depuis des génomes de levures.

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Date de modification : 20 août 2024 | Date de création : 02 avril 2024 | Rédaction : AgroEcoNum