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• Titre : « Annotation des graphes de pangenomes  », IRD.
• Doctorante : Nina Marthe.
• Unité de rattachement : IRD, UMR 233 - DIADE - Dynadiv.
• Encadrement :
  • François Sabot (IRD).
• École doctorale : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau.
• Durée du projet : 2023 - 2026.

Résumé du projet :

La génomique cherche à élucider le fonctionnement des génomes pour mieux comprendre le vivant. Elle s'appuie classiquement sur le génome d’un individu unique, appelé génome de référence, qui est utilisé comme point de comparaison pour les données génétiques à analyser. Cependant l'utilisation d'un génome de référence présente de nombreuses limites, et en particulier entrave l'étude des parties du génome qui ne sont pas présentes chez tous les individus, donc qui peuvent être absentes de la référence. Or ces régions peuvent contenir de nombreux gènes liés à l'adaptation des espèces à leur millieu, et il est donc important de les prendre en compte. Le pangénome, qui contient l'information génétique de toute une population, est un outil prometteur pour répondre à cette problématique. Afin d'exploiter plus facilement les informations contenues dans les pangénomes, je vais travailler durant ma thèse sur leur annotation, qui consiste à localiser les gènes présents et à leur attribuer une fonction et qui permet de donner un sens biologique à une séquence d’ADN.