• Titre du projet : « Modèles de Causalité et intégration de données Omiques pour identifier les déterminants du recrutement du microbiote par la plante » ; INRAE & Institut Agro Rennes-Angers.
  • Post-doctorante : Marion Naveau
  • Unité de rattachement : Université de Rennes, UMR6625 - IRMAR (IRMAR - Institut de recherche mathématique de Rennes)
  • Co-encadrement :
    • Mathieu Emily (Institut Agro Rennes-Angers)
    • Anouk Zancarini (INRAE)
  • Durée du projet : 2024 - 2026.

Résumé du projet : 

Si le microbiote peut améliorer la croissance des plantes, il est encore difficile de savoir comment piloter ce microbiote pour sa valorisation dans un contexte agroécologique. Le projet CausMique explore l'influence de la plante sur la diversité microbienne des racines. Pour cela, le projet se base sur un jeu de données unique combinant génétique, métabolomique et métagénomique pour un panel de 281 génotypes de colza. Ces variables observées reflétant souvent des processus latents non quantifiables, le projet CausMique cherche à intégrer ces diverses données omiques par des modèles d’équations structurelles, qui visent à dépasser les simples corrélations pour atteindre une inférence causale entre variables latentes. L'inférence causale constitue le pivot de cette approche, avec le développement de méthodes pour explorer l'espace causal et définir les structures causales pertinentes. En appliquant cette démarche à l’étude du recrutement du microbiote par la plante, CausMique élabore des schémas de causalité conceptuels, intègre des connaissances expertes et priorise les relations causales à tester. À terme, cela permettra de sélectionner des génotypes de plantes capables de recruter un microbiote bénéfique en conditions agroécologiques, pour diminuer l’utilisation d’intrants, et avoir une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement et de la santé.