L’innovation dans le domaine de l’agroécologie repose sur la possibilité de mobiliser davantage de diversité dans les systèmes agricoles en se fondant sur la connaissance des ressources disponibles et sur leur caractérisation à l’aide de diverses approches haut débit. Dans ce contexte, l’intégration de données massives et hétérogènes est reconnue comme un défi stratégique pour leur donner du sens.

Le projet BReIF a pour objectif construire une e-infrastructure cohérente supportant une gestion des données conformes aux principes FAIR et Open Science et un portail de données maintenable. Pour répondre à ses objectifs : 

• définition du champ d'application du service, identification des ressources déjà disponibles et des développements nécessaires ;
• développement d'une première version et tests pour obtenir un retour d'information de la part des utilisateurs potentiels (par exemple, par le biais d'hackathons ou de sessions de formation) ;
• améliorations basées sur le retour d'information et élaboration d'un plan pour un déploiement durable.

BReIF répondra à cette problématique en développant des approches sémantiques, basées par exemple sur des graphes de connaissances. En outre, en complément et en collaboration avec le projet pilote II-1, BReIF fournira de nouveaux services efficaces pour l'analyse des données, évalués en fonction de leur empreinte carbone. BReIF créera des environnements et des flux de traitement de données robustes pour l'assemblage de génomes complexes hétérozygotes et polyploïdes, leur annotation automatique (incluant les régions codantes et non codantes) et la génération de pangénomes, en utilisant des approches à l’état de l’art. Ces services seront mis en œuvre pour une sélection d'espèces d'intérêt.